غادر هيدالجو إلى أغواسكالينتس وتوجه إلى زاكاتيكاس. هنا تقرر أن القادة الرئيسيين ، مع أفضل القوات والمال ، غادروا إلى الولايات المتحدة.
بمجرد أن كانوا في الطريق ، تم أسرهم من قبل الملكيين في 21 مارس في Norias del Baján أو Acatita del Baján. تم نقل هيدالغو إلى مونكلوفا ، ومن هناك غادر في 26 مارس عبر ألامو ومابيمي وفي الثالث والعشرين دخل تشيهواهوا. ثم تم تشكيل العملية ، وفي 7 مايو تم أخذ البيان الأول. تسببت الشخصية الكنسية لهيدالجو في تأخير عمليته أكثر من تلك التي قام بها رفاقه.
صدر حكم خفض الرتبة في 27 يوليو ، وفي 29 يوليو تم إعدامه في المستشفى الملكي حيث سجن هيدالجو. وأدان المجلس الحربي وضع الأسير في السلاح ، لا في مكان عام مثل رفاقه ، وإطلاق النار عليه في صدره وليس في ظهره ، مما يحافظ على رأسه. سمع هيدالغو الجملة بهدوء واستعد للموت.
تم وصف يومه الأخير على النحو التالي: "بالعودة إلى سجنه ، حصل على إفطار من الشوكولاتة ، وبعد أن تناوله ، توسل إليه بدلاً من الماء أن يقدم له كوبًا من الحليب ، والذي انتهى به الأمر باستعراض غير عادي من الشهية والسرور. بعد لحظة قيل له إن الوقت قد حان للذهاب إلى التعذيب. سمعه دون تغيير ، وقف على قدميه ، وأعلن أنه مستعد للمغادرة. في الواقع ، لقد خرج من المكعب البشع الذي كان فيه ، وبعد أن تقدم خمسة عشر أو عشرين خطوة منه ، توقف للحظة ، لأن ضابط الحارس سأله عما إذا كان قد عرض عليه شيئًا للتخلص منه أخيرًا ؛ أجاب بنعم ، أنه يريدهم أن يحضروا له بعض الحلوى التي تركها على وسادته: لقد أحضروها بالفعل ، وقاموا بتوزيعها على نفس الجنود الذين كانوا سيشعلون النار عليه وكانوا يسيرون خلفه ، وشجعهم وعزاهم بمغفرته و أحلى كلماته ليقوموا بعملهم ؛ ولأنه كان يعلم جيدًا أنه قد أُمر بعدم إطلاق النار على رأسه ، وكان يخشى أن يتألم كثيرًا ، لأنه كان لا يزال الشفق ولم تظهر الأشياء بوضوح ، وختم بالقول: "اليد اليمنى التي سأضعها على صدري ستكون ، أطفالي ، الهدف الآمن الذي يجب أن تذهبوا إليه ".
"تم وضع مقعد التعذيب هناك في زريبة داخلية للمدرسة المشار إليها ، على عكس ما تم فعله مع الأبطال الآخرين ، الذين تم إعدامهم في الساحة الصغيرة خلف المبنى المذكور ، وحيث يوجد النصب التذكاري اليوم. يذكرنا به والمركز التجاري الجديد الذي حمل اسمه. وعندما علم الهيدالغو بالمكان الذي توجه إليه ، سار بخطوة حازمة وهادئة ، ودون أن تترك عينيه معصوبتين ، صلى بصوت قوي وحماسي المزمور البخيل لي ؛ وصل إلى السقالة ، قبله باستسلام واحترام ، ورغم بعض المشاجرات التي لم تجعله يجلس وظهره مقلوبًا ، جلس المقعد المواجه للجبهة ، وضع يده على قلبه ، وذكر الجنود أن هذا هو نقطة حيث يجب أن يطلقوا النار عليه ، وبعد لحظة انفجرت طائرة من خمس بنادق ، اخترقت إحداها اليد اليمنى فعليًا دون إصابة القلب. البطل ، شبه عاطفي ، أجهد صلاته ، وسكتت أصواتهم عندما تم تفجير خمس بنادق أخرى مرة أخرى ، والتي كانت رصاصاتها تمر بالجسد ، وكسرت القيود التي كانت تربطه بالمقعد ، وسقط الرجل في بحيرة من الدماء ، لم يمت بعد. ثلاث رصاصات أخرى كانت ضرورية لإنهاء هذا الوجود الثمين ، الذي يحترم الموت لأكثر من 50 عامًا ".
تم وضع رأسه ، مع رؤوس أليندي وألداما وخيمينيز ، في أقفاص حديدية في زوايا Alhóndiga de Granaditas في Guanajuato. تم دفن الجثة في الترتيب الثالث لسان فرانسيسكو دي تشيهواهوا ، وفي عام 1824 تم إحضار الجذع والرأس إلى المكسيك ، ليتم دفنها بوقار كبير.
