غادر هيدالغو إلى أغواسكالينتس وأخذ الدورة التدريبية إلى زاكاتيكاس. من زاكاتيكاس ، مر هيدالغو عبر ساليناس وفينادو وتشاركاس وماتيوال وسالتيلو.
هنا تقرر أن القادة الرئيسيين ، بأفضل القوات والمال ، غادروا إلى الولايات المتحدة. في الطريق بالفعل ، تم أسرهم من قبل الملكيين في 21 مارس في Norias del Baján أو Acatita del Baján. تم نقل هيدالغو إلى مونكلوفا ، ومن هناك غادر في 26 مارس عبر ألامو ومابيمي وفي الثالث والعشرين دخل تشيهواهوا. ثم تم تشكيل العملية ، وفي 7 مايو تم أخذ البيان الأول. تسببت الطبيعة الكنسية لهيدالجو في تأجيل محاكمته أكثر من محاكمة رفاقه ، وصدر الحكم بخفض رتبته في 27 يوليو ، وفي 29 يوليو تم إعدامه في المستشفى الملكي حيث سجن هيدالغو. وحكم مجلس الحرب على السجين بالحمل في غير مكان عام مثل رفاقه وإطلاق النار عليه في صدره وليس على ظهره مما يحفظ رأسه. سمع هيدالغو الجملة بهدوء واستعد للموت.
تم وصف يومه الأخير على النحو التالي: "بالعودة إلى سجنه ، حصل على إفطار من الشوكولاتة ، وبعد أن تناوله ، توسل إليه بدلاً من الماء أن يقدم له كوبًا من الحليب ، والذي انتهى به الأمر باستعراض غير عادي من الشهية والسرور. بعد لحظة قيل له إن الوقت قد حان للذهاب إلى التعذيب. سمعه دون تغيير ، وقف على قدميه ، وأعلن أنه مستعد للمغادرة. لقد خرج ، في الواقع ، من المكعب البشع الذي كان فيه ، وبعد أن تقدم منه بخمسة عشر أو عشرين خطوة ، توقف للحظة ، لأن ضابط الحارس سأله عما إذا عرض عليه شيء للتخلص منه في النهاية أجاب: نعم ، أرادهم أن يحضروا له بعض الحلوى التي تركها على وسادته: لقد أحضروها بالفعل ، وقاموا بتوزيعها على نفس الجنود الذين كان من المفترض أن يحرقوه ويسيروا خلفه ، وشجعهم وعزاهم بمغفرته. أحلى كلماته ليقوموا بعملهم ؛ ولأنه كان يعلم جيدًا أنه قد أُمر بعدم إطلاق النار على رأسه ، وكان يخشى أن يتألم كثيرًا ، لأنه كان لا يزال الشفق ولم تظهر الأشياء بوضوح ، وختم بالقول: "اليد اليمنى التي سأضعها على صدري ستكون ، أطفالي ، الهدف الآمن الذي يجب أن تذهبوا إليه ".
"تم وضع مقعد التعذيب هناك في زريبة داخلية للمدرسة المشار إليها ، على عكس ما تم فعله مع الأبطال الآخرين ، الذين تم إعدامهم في الساحة خلف المبنى ، حيث يوجد النصب اليوم. الذي يذكرنا به والمركز التجاري الجديد الذي حمل اسمه. وعندما علم الهيدالغو بالمكان الذي توجه إليه ، سار بخطوة حازمة وهادئة ، ودون أن تترك عينيه معصوبتين ، صلى بصوت قوي وحماسي المزمور Miserere me ؛ وصل إلى السقالة ، قبله باستسلام واحترام ، ورغم بعض المشاجرات التي لم تجعله يجلس وظهره مقلوبًا ، جلس المقعد المواجه للجبهة ، وأكد يده على قلبه ، وذكر الجنود أن هذا هو نقطة حيث يجب أن يطلقوا النار عليه ، وبعد لحظة انفجرت طائرة من خمس بنادق ، اخترقت إحداها اليد اليمنى فعليًا دون الإضرار بالقلب. البطل ، شبه عاطفي ، أجهد صلاته ، وسكتت أصواتهم عندما تم تفجير خمس بنادق أخرى مرة أخرى ، والتي كانت رصاصاتها تمر بالجسد ، وكسرت الروابط التي كانت تربطه بالمقعد ، وسقط الرجل في بحيرة من الدماء ، لم يمت بعد. ثلاث طلقات أخرى كانت ضرورية لاستنتاج ذلك الوجود الثمين ، الذي يحترم الموت لأكثر من 50 عامًا ".
كانت الشمس قد ولدت بالكاد عندما كانت قد وضعت نفسها بالفعل أمام الرأي العام ، على كرسي وعلى ارتفاع كبير ، وعلى وجه التحديد على السطح الخارجي لها. تم وضع رأسه ، مع رؤوس أليندي وألداما وخيمينيز ، في أقفاص حديدية في زوايا Alhóndiga de Granaditas في Guanajuato. تم دفن الجثة في الترتيب الثالث لسان فرانسيسكو دي تشيهواهوا ، وفي عام 1824 تم إحضار الجذع والرأس إلى المكسيك ، ليتم دفنها بوقار كبير.
