أدت التوغلات المستمرة للفاتح الإسباني Don Nuño Beltrán de Guzmán نحو الأراضي الغربية من البلاد ، من أجل زيادة سيطرته وسلطته على تلك الأراضي ، إلى إنشاء مقاطعة جديدة تسمى مملكة نيو غاليسيا.
كانت المنطقة مأهولة من قبل مجموعات مختلفة من السكان الأصليين ، الذين دمروا باستمرار المستوطنات التي أسسها الإسبان فيها. تلقى ملازم Nuño de Guzmán ، الكابتن Juan B. de Oñate أوامر لتهدئة تلك المقاطعات وتأسيس Villa de Guadalajara في المكان المسمى Nochistlán ، وهي حقيقة أكملها في 5 يناير 1532. في ضوء الهجمات المتكررة للسكان الأصليين على المدينة اضطر إلى الانتقال بعد عام إلى Tonalá ثم إلى Tlacotlán. تم إجراء نقل ثالث لاستقرار المدينة في وادي Atemajac ، حيث تأسست المدينة بشكل نهائي في 14 فبراير 1542 بحضور Cristóbal de Oñate كحاكم لـ New Galicia و Don Antonio de Mendoza ، ثم نائب ملك إسبانيا الجديدة ، الذي عين ميغيل دي إيبارا عمدة ونائب حاكم.
تطورت المدينة بسرعة وبدأت تنافس مدينة كومبوستيلا (تيبيك اليوم) ، التي كانت حينها مقرًا للسلطات الدينية والمدنية ، حتى أن سكان غوادالاخارا مارسوا مثل هذا الضغط على سلطات أودينسيا ، لدرجة أن الملك قرر فيليبي الثاني إصدار Cédula بتاريخ 10 مايو 1560 للانتقال من كومبوستيلا إلى غوادالاخارا ، الكاتدرائية ، الديوان الملكي ومسؤولي الخزانة.
تم تخطيط الهيكل الحضري وفقًا للمدن الاستعمارية الأخرى ، لذلك تم تطوير تخطيطه على شكل رقعة شطرنج مما كان يعرف بساحة سان فرناندو. في وقت لاحق ، أسس فراي أنطونيو دي سيغوفيا أحياء مكسيكالتزينغو وأنالكو ، وحي ميزكويتان ، أحد أقدم الأحياء. كما تم تشييد منازل مجلس المدينة ، مقابل المعبد الحالي لسان أوغستين وأول كنيسة أبرشية حيث يقع قصر العدل.
اليوم ، المدينة الرائعة ، غزيرة في المباني الاستعمارية ، تعرض عددًا جيدًا من الأمثلة المعمارية ذات الصلة ، مثل الكاتدرائية ، وهو موقع يجب مشاهدته ، تم بناؤه بين عامي 1561 و 1618 من قبل المهندس المعماري مارتين كاسياس. تم تصنيف أسلوبه على أنه باروك مبتدئ. يرتفع هيكلها الصلب أمام ساحة Plaza de Guadalajara الحالية ، مع أبراجها الغريبة التي على الرغم من أنها لا تنتمي إلى الطراز الأصلي للمبنى ، إلا أنها تُعرف حاليًا كرمز لعاصمة Guadalajara. تم تدمير الأبراج البدائية في القرن التاسع عشر بسبب الزلزال ، وهذا هو سبب إضافة الأبراج الموجودة بها اليوم. التصميم الداخلي للمعبد شبه قوطي ، بما في ذلك خزائنه المصنوعة من الدانتيل.
المناطق الدينية الأخرى من القرن السادس عشر هي دير سان فرانسيسكو ، الذي أنشئ في عام 1542 بالقرب من النهر ، في حي أنالكو ، ودمر بالكامل تقريبًا في الإصلاح. تم الحفاظ على معبدها ، الذي تم تجديده في نهاية القرن السابع عشر ، بواجهته الباروكية ذات الخطوط سليمان المتواضعة. تأسس دير سان أغوستين في عام 1573 من قبل المرسوم الملكي لفيليبي الثاني ويحافظ حاليًا على معبده بواجهته ذات الخطوط الهريرية الشديدة وداخله بأقبية مضلعة.
احتلت سانتا ماريا دي غراسيا ، وهي مؤسسة أخرى للدير ، من قبل راهبات دومينيكانيات من بويبلا ، التي بنيت في عام 1590 أمام بلازا دي سان أغوستين ودفع ثمنها هيرنان غوميز دي لا بينيا. احتل البناء ست كتل ، على الرغم من أن المعبد لا يزال قائماً حتى اليوم ، بواجهة كلاسيكية جديدة من النصف الثاني من القرن الثامن عشر.
